烤烟出苗以后往往有烟根卷曲，不下伸的现象，即通常所说的厥根。
烟苗厥根的原因很多，归纳起来丰要有；在配制床土时选用粘重的土粪或筛的过细，经多次浇水后，床土板结，幼苗根系不易下扎，覆草撤的过早，浇水直接冲击烟苗，或覆草撤的过晚，烟苗光照不足，从播种到出苗，胚根及幼苗入土很浅，水分供应不足，短时间缺水就会造成烟苗厥根死亡1苗床表土混合饼肥没有发酵好，床土温度过高，或肥劲过猛，烟苗幼根不易下扎，产生烂脖和厥根现象，催芽过长，亦能发生厥根。
为了防止烟苗厥根，在配制床土时，要选用优质猪粪。如果土质较粘，应掺入适当的山皮土或秕谷等，使床疏松，增加通透性。覆草不宜撒的过早或过晚，要分批逐渐撤出，最好在烟苗4-5片真叶时撤完，有利于保持床面湿润。苗床表土如若混合饼肥，必须经过充分发酵，以免伤苗，催芽的种子在露白头时即应播种。
