在正常情况下，草菇播种后12小时左右，可见草菇菌丝萌发并向料内生长。如播种24小时后，仍不见菌丝萌发或不向料内生长，或栽培过程中出现菌丝萎缩，其主要原因有：
草菇菌丝生长快，衰老也快，如果播种后菌丝不萌发，菌种块菌丝萎缩，往往是菌龄过长或过低的温度条件下存放的缘故。选用菌龄适当的菌种，一般选用栽培种的菌丝发到瓶底－周左右进行播种为最好。
如培养料铺得过厚，床温就会自发升高，如培养料内温度超过45℃，就会致使菌丝萎缩或死亡。
播种后，要密切注意室内温度及料温，如温度过高时，应及时采取措施降温，如加强室内通风，拿掉料面复盖的塑料薄膜，空间喷雾，料内撬松，地面倒水等。
播种时，培养料含水量过高，超过75％，这样料内不透气，播种后塑料薄膜覆盖得过严且长时间不掀，加上菇房通风不好，使草菇菌丝因缺氧室息而萎缩。
在培养料内添加尿素过多，加上播种后覆盖塑料薄膜，料内氨气挥发不出去，对草菇菌丝造成危害。
