灵芝生长发育过程中，所要求的生态条件和环境，往往也适于一些霉菌和害虫的滋生，因此，当无菌操作不严格或在培养室久不通风的高湿高温的环境中，极易引起青霉、毛霉、根霉、曲霉及链孢霉对灵芝的危害，严重影响灵芝的正常生长，甚至不能分化出子实体。
为避免以上霉菌对灵芝造成的损失，需要坚持以防为主、防于治的原则。首先选生活力强的优良菌株，培养室要保持清洁，培养基消毒灭菌要彻底，无菌操作要严格，有霉菌滋生时可通过通风换气降低空气的相对湿度来防治。虫害主要有覃蚊及尖眼覃蚊，可在室内悬挂敌敌畏布条防治。
灵芝各种栽培法
a．瓶栽。用广口瓶代替塑料袋，方法基本相似。
b.花盆栽培：用内径20厘米的花盆，装入拌好的基质，高压灭菌2小时。接种时每盆用半皿麦麸基菌种。适宜条件下13天即生出芝蕾．37天形成芝盖。
c.营养钵栽培：类似花盆但优于花盆，因为自磁钵外不易生杂菌。
