根据发挥的作用不同，人为地把养鸡发酵床垫料大致分为三层：
上层为保护层，约5厘米厚。由于其暴露在最外层，温度较低，发酵功能较弱，但起到保温和保护作用，使中部发酵层保持稳定的、温度较高的发酵环境；
中间为发酵层，温度和环境比较稳定、是主要的发酵区。
下部为缓冲层，发酵能力也较弱，主要起保护中间发酵层温度和内部发酵环境稳定、承数过量的水分等作用。
由于热量通过传导、辐射、对流和水分蒸发吸热等途径的散失，垫料表面的温度始终接近鸡舍空气温度。因而发酵作用主要集中在中间层，越往下接近中间核心层，温度越升高，一般达到40—50℃，
再往下温度逐渐下降。养猪发酵床局部垫料乔发酵活动旺盛时甚至达到60—70℃，过高的温度会对功能菌群自身的活力产生抑制。不过垫料不断翻动会给经过高温的垫料补充菌种。
没有粪尿的地方，干燥的垫料不发酵，当然就不产生效量，垫料保持地表温度。
