罗汉果的病虫害较多，危害严重的主要有以下三种：
主要症状是块根长瘤而腐烂，直须根膨大成球状、棒状、念珠状，最后也腐烂，使根部不能吸收营养，轻者植株营养不良，造成减产，重者植株死亡。
本病的农业防治措施是把带病的块根周围30厘米的旧土挖走，换上新土，最好足换上荒山上的新土，也可翻晒块根周围的土数日。
药剂防治的方法是使用农药呋喃丹、二溴氯-烷、涕灭威、棉隆等进行土壤杀虫，有一定的防治效果。
也可用47-48℃的温水浸渍处理一年生种薯20分钟，二年生以上种薯浸渍处理30分钟，也有较好的杀虫效果。
初期植株的嫩叶首先发病，脉间退绿，随后新叶出现畸形，症状多样，叶片缺刻或呈线形，变厚，变粗，退绿呈斑点状，最终黄化。
本病现在主要以农业防治为主，一是用种子繁殖实生苗，实生苗不带此病。二是建立100米以上的隔离带，外围以林木作屏障，以防传播此病的棉蚜入侵。
主要危害果实，成虫把卵产在果实内，卵孵化成幼虫后蛀食果肉，使果实腐烂。
对此可采取诱杀的方法，在10%的糖水中加入敌百虫，然后用棉球蘸上配好的药液挂在果实较多的地方，约3平方米挂一棉团，可有效地诱杀果实蝇。
