银杏茎腐病是一种由特定病原菌引起的病害，主要影响银杏及其他多种针阔叶树苗。该病在亚热带地区尤为常见，尤其在长江流域以南地区发生普遍而严重。
本病多出现在一二年生的银杏实生苗，尤以一年生苗严重，常造成幼苗大量死亡，苗木染菌后，幼苗基部变成褐色，叶片失去正常绿色，并稍下垂，但不脱落，随后，感病区迅速向上扩展，最后全株枯死，根皮皮层腐烂，用手拔苗只能拔出木质部。
该病主要在夏秋高温季节发生。据在南京对银杏苗木茎腐病的研究发现，夏秋间的高温和日晒使苗床土壤温度升高，苗木茎基部受过高土温的损伤为病菌的侵入创造了条件。
因此，病害一般在梅雨季结束后10~14d开始发生，以后发病率逐渐增加，至9月逐渐停止发展。病害的严重程度取决于7~8月的气温。
该病一旦发生，比较难以防治，所以应该以预防为主，主要措施如下。
(1)适时早播
使得幼苗于高温季节前尽量长壮实，以提高抗病能力。
(2)合理密播
有试验表明，树苗密度较大时发病率较低，一般每亩播80-100千克种子，可明显降低发病率。
(3)防止树苗受伤
病菌一开始往往先从伤口入侵，因此，要防治地下害虫，避免害虫咬伤后致病。松土中耕时，小心操作，防止损伤苗木。
(4)注意降温
高温季节搭棚降温，或间种玉米、毛豆等作物降低地表温度；有条件的进行喷水降温。
(5)药剂防治
高温季节，每隔10-15天喷1次甲基托布津或多菌灵药剂，也可以在茎腐病初期，通过根腐消与清水制备成300倍液，进行1~2次的灌根处理。
如果发病严重，则要把根茎附近土壤充分挖掘、翻晒，并将根腐消与清水制备成200倍液，进行2~4次的灌根处理。
