灵芝瓶栽是最早采用的人工栽培方法，其配料、装瓶、灭菌、接种、菌丝培养方法与其他栽培方式并不本质不同。灵芝瓶栽种植方法并不复杂，具体操作步骤如下：
可用保存的菌种（母种），也可用幼嫩菌柄经组织分离后所得到的纯种。因为接种时用量较大，所以其菌种必须扩大培养。具体方法是：
将木屑，麦麸（米糠）等配制成培养基，装于500毫升的菌种瓶中，经灭菌接种后，于26℃下培养15-20天，待菌丝旺盛生长后作为原种用。
培养料的选择可因地制宜，就地取材。如用70%的木屑，28%的麸皮、1%的蔗糖、1%的石膏粉和适量的清水调匀；
也可用7 4%的木屑、25%的米糠，0.2%的硫酸铵，0．8%的骨粉或过磷酸钙加入适量清水拌匀；还可用75%的木屑、25%麸皮和适量水拌匀等等。
配制时，先将代用料（木屑、米糠）拌匀，然后将其他成分溶于水，一并加入，再加适量水，充分拌匀。拌后，用手抓一把捏一下，以指缝间见水渗出而不滴落为宜。
可用无色专用菌种瓶，广口瓶和水果罐头瓶进行瓶栽。将配好的培养基及时装入洁净的瓶内，甩直径约2厘米粗的木棒，边装边压实。培养基合适的盛装量以距瓶口约空3-4厘米为宜。
然后将木棒倒过头来，以其尖头一端，从培养基中央向下扎一小洞，直达瓶底，再旋转退出．清洁瓶内空间及瓶外，塞上棉塞。外包一层防潮纸（油纸或牛皮纸），用绳扎紧，以防灭菌时棉塞受潮。
装瓶后，应及时放入高压灭菌锅，在每平方厘米1. 05公斤的压力下维持1小时，或间歇灭菌连续3天，每天l小时，或用土蒸桶灭菌，待水沸后维持8小时即可。
灭菌后，将瓶移入接种箱（室），经消毒后即可按种，接种时，用接种针采取蚕豆大小的菌种，迅速敲入培养基中央的小洞内，然后塞上棉塞，移入培养室培养。
瓶栽灵芝，除了考虑培养基所能供给的营养需要外，还须注意各个生长阶段的环境条件，如培养基中的水分含量、环境中的温度，湿度、通风情况及光线等条件是否适宜。
在菌丝体培养阶段，可选择背阴房间，只要能保持室内干燥和恒温即可，不需要很大的湿度。因为培养基的含水量已足够供给菌丝生长的需要。
如果室内湿度过大，容易造成杂菌污染。子实体培养阶段，应选择向阳房间，要求充足的散射光线，通风良好，且能保持适宜温度和恒湿的环境，以保证灵芝正常生长发育的需要。
