微量元素肥料施用有其特殊性，如果施用不当，不仅不能增产，甚至会使作物受到严重伤害。为提高肥效，减少伤害，微量元素肥料施用应注意如下事项：
农作物需要微量元素的数量很少，许多微量元素从缺乏到适量的浓度范围很窄。
因此，施用微量元素肥料要严格控制用量，防止浓度过大，施用必须注意均匀。也可将微量元素肥料拌混到有机肥料中施用。
在不同类型、不同质地的土壤中，微量元素的有效性及含量不同，施用微量元素肥料的效果也不一样。
一般来说北方的石灰性中土壤铁、锌、锰、铜、硼的有效性低，易出现缺乏；而南方的酸性土壤中钼的有效性低，因此施用微肥时应针对土壤中微量元素状况合理施用。
各种作物对不同的微量元素有不同的反应，敏感程度不同，需要量也不同，施用效果有明显差异，如：
果树对铁、锌、硼等敏感，玉米施锌肥效果较好，油菜、棉花对硼、锌敏感，禾本科作物对锌敏感，豆科作物对钥、硼敏感。
所以，要针对不同作物对不同微量元素的敏感程度和肥效，合理选择和施用。
土壤微量元素供应不足，往往是由于土壤的酸碱性、土壤质地、土壤水分、土壤氧化还原状况等土壤环境条件的影响，因此在补充微量元素养分的同时，要注意改善土壤环境条件。
如酸性土壤可通过施用有机肥料或施用适量石灰等措施调节土壤酸碱性，改善土壤微量元素营养状况。
只有在满足了植物对大量元素氮、磷、钾等需要的前提下，微量元素肥料才能表现出明显的增产效果。
有机肥料含有多种微量元素，作为维持土壤微量元素肥力的一个重要养分补给源，不可忽视。
施用有机肥料，可调节土壤环境条件，达到提高微量元素有效性的目的。
