首先说明，只有种植的是南瓜传统地方品种时，才可以自己留种。为了支持保存优良的南瓜品种，本文简单介绍中国南瓜的留种方法，教会你学会自已留种，把本地有特色的优秀南瓜品种保留下来。
为了保证所留种子能保持该品种原有的优良特性，从植株进入开花结瓜期开始，要经过几次细致的选择。
在开花结瓜期，选择生长健壮、无病、雌花开放早、雌花多的植株，做好标记，以后要从这些植株上所结的瓜中进一步选留种瓜。
在瓜充分膨大以后，在第一次做好标记的植株中，选生长健壮、无病、所结的瓜大小适宜、瓜型和嫩瓜皮色都符合该品种的原有特征的植株，进行第二次标记，第二次做的标记要与第一次做的标记能区分开。
在瓜充分老熟以后，从第二次标记的植株中选生长健壮、无病或病害较轻的植株上所结的瓜，所选的瓜要求大小适宜、瓜型和老瓜皮色符合该品种的原有特征，将符合标准的瓜单独采摘，留做种瓜，堆放后熟10-20天后，剖瓜，取出种瓤，挤出种子，晒干，收藏。
有条件的，还可以对每个瓜进行单独采种后，对每个瓜进行单独品尝，留口感好的瓜上采下的种子，淘汰口感差的瓜上采的种子。
需要注意的是，南瓜是雌雄异花，不同品种甚至种类间极易串花杂交，发生变异。所以，在要自己留种的南瓜地周围1000-2000米范围内不能种植其他南瓜品种及西葫芦和黑籽南瓜。
如果在这个范围内有其他南瓜品种或西葫芦和黑籽南瓜，在不采取其他措施的情况下，就不能在这块地上留种瓜采种。
