在秋萝卜种植中，常见的虫害有蚜虫和菜青虫，常见的病害主要有软腐病、霜霉病等。
蚜虫可用10%吡虫啉1000倍液喷雾、40%乐果乳油1000～1500倍液或10%氯氰菊酯乳油2000～5000倍液喷杀。
菜青虫可用生物农药苏云金杆菌乳剂或杀螟杆菌800～1000倍液防治，或用50%辛硫磷1000～1500倍液或20%氰戊菊酯3000～5000倍液喷杀。
软腐病主要危害萝卜的根、叶和叶柄。根尖开始染病时，刚开始呈现褐色，水渍状，逐渐向上蔓延，遇到干旱时停止扩展，根尖可以再次簇生新叶。染病部位和健康的部位分界线明显。该病是细菌性病，病菌主要存在于土壤中，从萝卜的伤口处侵入，在气温25～30℃时容易发病，可用生物农药新植霉素、农用链霉素、硫酸链霉素200毫克／千克液防治。
在使用上述药剂时，应合理混用、轮换交替用药，防止和推迟病虫害抗性的产生和发展；还可以采取垄作或高厢深沟栽植，与非十字花科蔬菜实行3年以上轮作，尽量避免伤口。
霜霉病主要危害萝卜的叶片。下部叶片先感染，然后向上扩散。天气潮湿的时候，叶片背面或两面长出白霉，严重的时候病斑连片致叶片干枯。
霜霉病是真菌性病害，气温16℃左右，空气相对湿度高于70%，容易迅速蔓延。一般播种过早，品种抗性差，过于密植，田间湿度大，管理粗放及连作地发病重。
霜霉病防治方法：清除病株残体，集中处理；及时追肥、浇水，以增强抗性；与非十字花科蔬菜实行2年以上轮作。发病初期用75%百菌清可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂600～800倍液，或64%杀毒矾500倍液喷雾防治，每隔7～10天喷一次，连喷2～3次。
