花鳗鲡隶属于鳗鲡目鳗鲡科鳗鲡属，是一种热带、亚热带江海洄游鱼类。危害养殖花鳗鲡的疾病主要有三类，其中细菌性疾病4种，真菌性疾病1种，寄生虫疾病4种。
烂鳃病是花鳗鲡养殖过程中最常见、危害最严重的疾病，除了细菌自身大量繁殖破坏鳃丝组织外，其他一些诱发因素也能引起细菌继发性感染而导致烂鳃。
病鳗活力减弱，徒手易捞起，在池边或排污箱或增氧机附近水面缓慢游动，有时呈单鳃呼吸，鳍条偶有充血，鳃部黏脏。
本病病原为嗜水气单胞菌、嗜纤维菌等细菌，在水质良好及鳗鱼体质强健时一般不易发生烂鳃病。
治疗时常用氯制剂、苯扎溴铵、络合碘等试剂，细菌性烂鳃严重的可辅助抗生素来治疗。
肠炎是花鳗鲡养殖过程中常见的疾病，该病传染速度快、死亡率高，而且容易复发。
其前期症状是食欲显著降低，水面有浮便，病鳗体表一般无充血等显著病变，肛门处有淡黄色粘液流出，后期肠系膜常常充血，有腹水，肠道内有黄色粘液。
本病重在预防，当外界环境突变时，应及时减料或者停食，并做好池水消毒维护等工作，高温期一定要控制投饵率，不要过量投喂，同时严禁使用不新鲜劣质饲料。
治疗时可采用外用消毒，同时内服大蒜或大蒜素粉，严重时可适量添加乙酰甲喹或复方新诺明。
红头病在花鳗养殖过程中偶有发生，病鳗体弱，常趴在水流缓慢的角落或排污箱池底，头部红肿，胸鳍多充血变红，鳃盖膜肿胀，病鳗时常全身痉挛、来回翻滚而死。
该病爆发常有以下几个原因：养殖密度高、水质恶化、驱虫药或其他药物长期刺激等，平时应注重预防。
一旦爆发，及时隔离病鳗，不能随意倾倒死鳗，应集中焚烧销毁或深埋处理；同时减料或停料，并适当降温，切勿乱用药物。
在死亡高峰期前每天用b一病毒净（双链季铵盐）或戊二醛、苯扎溴铵等消毒杀菌，待高峰期过后再使用抗生素及抗病毒中草药治疗。
此病典型特征是肝脏、肾脏肿大色深，解剖后可见肝脏肿胀，淤血色深或变为土黄色，严重时肝脏溃烂穿孔，肾脏肿大溃烂。
此病主要流行于红虫投喂时的白苗培育期，以及土池养殖的幼、成鳗阶段，在夏秋高温期很容易发生。发生在白苗培育时期，常呈急性病，传染率和死亡率很高，主要与红虫不干净、不新鲜有关；发生在幼、成鳗阶段时多为慢性病，累积死亡率高，不易治愈，主要与高投饵率、水质恶化及寄生虫有关。
