马来龟的形态在龟科中可算较独特的了。其外形总的来说有些像大头乌龟。最为突出的是它的头部宽大，吻钝，双颚粗壮，枕后的咬肌发达，使整个头部都显得强而有力。背甲长圆形，中等隆起，具明显的三棱，侧棱与中央脊棱靠近，离缘盾较远。缘盾光滑，不呈锯齿状。四肢具蹼，尾短小。
马来龟整个龟看起来为黑白两色的。头顶光滑，深黑色，向后至枕部，着生有大片的枕鳞，并与前方光滑的头顶以一双弧形的界线截然相分。再向后，颈部为灰黑色。头颈的下方为较浅的深灰色。自吻端上方经头顶边缘，过眼上方至眼后上方有一白色条纹，稍有间断，继而自眼后上方沿颈上部一直向后伸展，逐渐变宽。另一条纹从吻端与上述条纹相连，并从眼前斜向下至眼前下方沿口裂上方过眼下一直伸向后，亦为白色。
马来龟从侧面看，白色条纹在头侧围成缺少一边的长方形。从正面看则似眼镜框架。鼻孔周围有竖直的白色细条纹，4-6条，有大有小，有的形成“m”形。头侧的两条白纹间一般无斑，但有的个体会出现断续不连的白斑。
马来龟的眼十分奇特。一般龟都是淡色的虹膜中央有一黑瞳孔，或贯穿瞳孔有一黑线，但马来龟则在虹膜上环瞳孔有一圈线纹，眼睑周边也由断续白线环绕整个眼睛，如同打靶的靶环一样，黑白相间，呈同心圆状。下颌粗壮上弯镶于上颚的缺口内。下颌也有两白色条纹一直向颈腹伸展，在颈下还有一些灰白色小斑点。
马来龟背甲在潮湿的时候，呈黑色，并光亮，干时略发褐色，缘盾边缘黄色。有的个体背甲不呈黑色，几乎是红褐色或栗子皮色。通常，在肋盾与缘盾接缝处，即龟甲新生长处，色淡，有的呈黄褐色，远看似有一圈淡色环纹。腹甲黄色或淡黄色，缘盾下方及甲桥亦然，且在每块盾片上均有近似于三角形的灰黑色斑块。四肢灰色，有些棕黄色不鲜明的碎斑纹，指趾背具黄斑。尾背亦有黄斑，有的尾梢都是黄色的。
