苹果矮砧密植栽培，是节约土地、节约劳力、节约水肥药资源、提质增效的苹果集约化栽培模式。但是，我国目前苹果矮砧密植栽培存在的问题，这些问题主要表现在以下三个方面：
从推广区域来讲，我国苹果生产主要集中于渤海湾、西北黄土高原、黄河故道和西南冷凉高地四大产区，其中渤海湾产区和西北黄土高原产区生态环境符合苹果生产最适宜区或适宜区指标要求。
从立地条件来讲，在山区薄地、地势不平、土壤瘠薄、干旱少雨、积水涝洼、风害较多、易遭霜冻、交通不便等条件下，均不宜发展矮化密植苹果园。
在发展苹果园时，不少果农仅仅要求是苹果矮化砧木即可，而不管是否是当地适宜的矮化砧木。
矮化自根砧苹果树由于根系较浅，对肥水要求比较严格，不同矮化砧木的适应区域也不同，务必选择肥水条件较好和无明显环境胁迫的最适区推广。
不少果农为了省钱或急于建园，使用苗木质量过差的速生苗或独干弱苗，严重影响了幼树的成活生长，果园不整齐。
4. 放松幼树管理 不少果农在矮砧苹果树建园初期，认为果树还未结果而放松果园管理，致使幼树生长势衰弱，病虫害严重，从而造成不可挽回的损失，导致后续管理困难甚至前功尽弃。
