苹果干腐病和苹果树腐烂病是苹果枝干上的两种主要病害，均能造成皮层腐烂，枝干或枝条枯死，病斑上均能形成小黑点，因而田间易被混淆。可从以下几点加以区分：
腐烂病发病初期多呈椭圆形红褐色的病斑，病部组织松软，稍隆起，水渍状，皮层易于剥离，有酒糟味，病变组织深达木质部；后期病部失水下陷，变为黑褐色，病斑表面出现大而疏的黑点，潮湿时黑点上会冒出橘黄色的丝状物。
而干腐病病斑初为不规则暗褐色斑，表面湿润，常溢出茶褐色的黏液，皮层不易剥离，无酒糟味，病变组织也不达木质部；病斑失水后虽也干枯凹陷形成黑褐色的干斑，但病健交界处常开裂，病斑表面有纵横裂纹；后期病斑上出现的黑点小而密，潮湿时黑点上冒出灰白色黏液。
两种病害在长势较弱的枝条上均能产生枝枯型症状，病势发展迅速，使枝条枯死，但腐烂病病部红褐色，形状不规则，病斑边缘不明显，并迅速蔓延至整个枝条。
干腐病早期病斑为椭圆形的暗褐色或紫褐色病斑，上下迅速扩展成凹陷的条斑，病变组织可达木质部。
腐烂病病斑红褐色，圆形或不规则形，有轮纹，边缘清晰，病组织腐烂软化，略带酒糟味。
干腐病病斑最初为黄褐色近圆形的小斑，后逐渐扩大成深浅相间的同心轮纹，条件适宜几天内可使全果腐烂，形成黑色僵果。
