秸秆生物反应堆不仅能有效防治这些土传病害，还能改善土壤结构、增高地温、增加棚内二氧化碳浓度。
1．利用麦秸、玉米秸等平铺法。按照日光温室的种植习惯，南北向挖沟，沟宽60-80厘米，深60厘米，长度与温室的种植行相同，挖沟时间在每年的7-8月份，正处夏季高温季节，沟挖好后，沟内填麦秸、碎玉米秸等物，然后踏实。每亩撒2-2.5千克酵素菌肥，菌肥要均匀撒在秸秆上，将土填回，准备定植。一沟一沟的铺，将棚室内满铺一层玉米秸或麦秸覆土成垄，在垄上定植蔬菜苗。目前华北的南部地区运用这项措施取得了非常明显的效果。
2．利用玉米秸秆开沟施入法，技术要点是：南北向挖沟，沟宽60-80厘米，深50-60厘米，长度与温室的种植行相同，沟内填玉米秸等物，填至沟深的1/2处时，踩压找平。每亩施秸秆速腐菌种2千克，随之加第二层秸秆，再撒1-2千克菌种，然后覆土5厘米，沟内灌水，以充分湿透秸秆为宜。再以30厘米×40厘米距离打孔，孔径3-4厘米，发菌7-8天，再进行第二次覆土，覆土厚度控制在30厘米左右，结合第二次覆土可施入腐熟圈肥，每亩地7000-8000千克，鸡粪2-3立方米，尿素30千克，磷酸二铵40千克，硫酸钾10千克，在施入秸秆处做小高畦，小高畦做好后用地膜覆盖最好，盖后再一次打孔。
需注意的是：建造反应堆时间要早于应用时间15-20天。打孔要及时，一般浇水后2-3天内就要及时打孔。覆土不宜过深一般不要超过20-30厘米。
