小麦全蚀病是一种毁灭性的病害，在小麦苗期和成株期均能发生，而以成株期的症状最明显。小麦全蚀病并非不治之症，控制其危害的关键在预防。具体措施是：
严格保护无病区，防止种子夹带病残体传病，禁止无病区到病区引种。
要及时铲除零星病点，将病害消灭在初发阶段。对病点内的病株高割留茬，把病根茬就地点火焚烧，并用药剂消毒土壤。
对于初发病地块，除了采取以上措施外，有条件的可停种2年禾谷类作物
在小麦、玉米一年两熟区或小麦连作区，病害达到危害高峰期后，抑制全蚀病的土壤微生物也随之大量增殖，再继续种植小麦，病害下降，直至控制为害，这种现象称为全蚀病衰退。
病害得到控制以后，只要保持小麦、玉米一年两熟或小麦连作，病害不会反复，但如果中间停种小麦而改种其它作物，以后再种小麦时病害又会严重发生。
因此，在没有轮作条件的地方，要建立稳定的耕作制度，充分发挥自然微生物控制病害的作用。
在小麦播种期，用20%粉锈宁乳油按种子量的30%拌种。上麦出苗后20-30天（病菌侵染高峰期），每亩用20%粉锈宁乳油120-200克，兑水50-60公斤，顺垄喷酒麦苗。
这两种方法均能显著降低小麦成株期发病率。
尤其要多施有机肥和磷、钾肥，合理施用氮肥，促进植株健壮生长，增强抗病性。
