孵化的第12～13天，是羊膜道与羊膜腔连通，蛋白开始流进羊膜腔直接被胚胎吞食，胚胎开始了出壳前的肠管营养时期，这是一个关键的转折阶段。如果此时温度、湿度不正常，将影响羊膜道与羊膜腔的连通，蛋白进不到羊膜腔被胚胎利用或蛋白代谢受阻，常会造成中胚大批死亡。这是鸡胚胎发育的第二个危险时期。
孵化的第19～20天，这时尿囊萎缩，尿囊血管的呼吸机能消失，鸡胚胎由尿囊呼吸转变为肺呼吸，需要大量氧气。此时如果通风不良，气体代谢发生障碍，如肺部或气管中尚有蛋白堵塞，或胎位不正，喙部不能进入气室利用气室中的氧气，胚胎即会死亡。此时如果温度过高，胚胎呼吸加快，而氧气量不够，亦会造成胚胎死亡。这是鸡胚胎发育的第三个危险时期。
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