(2)肾型：这种类型的鸡传染性支气管炎剖检变化，主要表现为双肾肿大、苍白，肾小管因聚集尿酸盐使肾脏呈槟榔样花斑。类似的疾病包括传染性法氏囊病、痛风、中毒病等。与传染性法氏囊病的区别在于，鸡传染性支气管炎没有法氏囊肿大、出血的变化、肌肉不出血；与痛风病的区别在于，鸡传染性支气管炎不会出现关与中毒病的区别在于，鸡传染性支气管炎不会出现全身型败血症的变化。
(3)产蛋下降型：这种类型的鸡传染性支气管炎剖检变化，主要表现为坠卵性腹膜炎、输卵管变细。类似的病变可见于赤霉菌病、大肠杆菌病等。与赤霉菌病的区别在于，赤霉菌感染后由于赤霉烯酮毒素的作用，可形成输卵管囊肿，而鸡传染性支气管炎通常表现为输卵管萎缩。
3．混合感染
鸡传染性支气管炎经常与大肠杆菌病、慢性呼吸道病等混合感染，这也是造成误诊的重要原因。
4．免疫失败
ibv血清型众多，各种血清型间交叉保护能力较差，所选用的疫苗不是当地流行的病毒株，常常会导致免疫失败。如采用h120免疫的鸡群，并不能预防由肾型ibv引起的感染，所以在制定鸡传染性支气管炎防疫程序的时候，应尽量考虑用当地流行毒株制备的疫苗进行免疫接种。
