拌料时因为已加低温灭菌剂，在5小时内菌袋内部温度要上升到100℃，控中间是将100℃保持28-30小时，同时密切观察锅内水位，防止锅内烧干。
灭菌时间结束，停火后应打开灶门通气30分钟，套上棉纱手套，取出黑木耳的菌袋，同时仔细检查菌袋，如发现有小孔残破袋，立即用胶布封贴，以防杂菌侵入造成感染，菌袋要及时搬到巳消毒好的接菌室叠好，让其自然冷却。
消毒30分钟后开始接种黑木耳，接种最好用热风接种器，要求菌丝粗壮洁白，菌种适龄，一般栽培种是用塑料袋装的菌种，接种时用75％酒精，棉球擦净表面消毒，接种要注意以下4点：
(1)传袋人发现袋面有杂物要用干布擦净；
(2)打筒人左手拿75％酒精，棉球消毒袋面，接着右手拿制穴工具；
(3)接种时速度要快，菌种要高于袋面2mm，以防空气侵入，然后再用17x 50cm规格塑料袋套栽培袋；
(4)种袋叠成井型，要求叠放整齐、有序，留有间隔，叠得太紧太高，不利于通气。
如果在大棚内养菌，棚外盖二层帘子，棚内砌烟道就可以。菌袋装在食品袋后吊袋，初期棚内温度保持在25度以上有利于菌种快速萌发。菌种发后半月左右开始棚内温度必须控制在23度以下，最佳温度为18-20度。
当菌袋已布满洁白的菌丝合理成熟时，即可开孔。选择阳天气候，用刮胡须刀片割口，割成“v”形，直径2厘米，可防止喷水进入袋内，引起污染，一袋一般割12—15刀口，穴与穴之间呈梅花型错开。
每100平方米大棚挂菌袋1万袋左右为宜。采用平袋二线吊法，春季和秋季一般白天浇水，其余时间大通风，高温天气和伏天一般晚上浇水，其余时间，每天浇15次左右，开头浇水时间较长一些，其余每次浇水3分钟左右就可以。一般浇水10天左右，木耳即可长成。
当黑木耳子实体长到八成熟时，耳片充分展开。应及时采收，采耳时一手拿袋一手将耳顺袋采下，注意不要将耳根留在袋内，防止耳基受杂菌感染影响出耳，采下的耳要剪去带培养基的耳根，大朵撕开分类，成为单片耳，质优价高。
