可以说，所有已知的生态学原理，包括相生相克作用，都可以直接或间接地应用于农业生产，但最基本的原则有以下三条：
第一，生态农业是个整体，它包括种植业、畜牧业、水产业、林果业及加工业，它们相互配合，相互协调，按一定的次序组成一个整体，即形成一个复杂的生产体系，而每一个单项则是这个生产体系的一部分。
第二，物质的正常代谢是维持农业系统稳定的基础。农业生产中经济效益和生态效益的大小，物质、能量转化效率的高低是决定因素，只有了充分熟悉并掌握了种植、放养、施肥等时间因素，并科学地安排农业生产结构和多层利用，使物质循环和能量流动正常进行，才能实现生物资源再生和生态环境的良性循环。
第三，只有保持系统输入和输出的平衡，才能维持正常代谢的进行。生物的生长发育与繁殖需要不断从它的周围环境中吸取它所必须的物质，不停地影响着环境。而受生物影响的环境，特别是土地环境，又反过来作用于生物。所以，要使生物的生活环境经常满足生物的生活要求，必须适时补充环境所失去的物质，维持整个系统的活力。
以上三个原理概括起来。就是(1)系统各种成分相互协调与补克的整体原则。
(2)物质循环不息的再生原则’(3)物质输入与输出的动态平衡原则。从而可以看出，生态农业是以整体效益为目标，通过技术组配的生产链，充分发挥生物与环境生产潜力的协调发展农业，即生态工程系统在农业生产上的应用。
