西瓜真菌性枯萎病和细菌性枯萎病症状有许多相似之处，在生产活动中不易区别，容易混淆，以致防治不当，殆误防治最佳时机，造成重大损失，实质它们是有着根本性区别的。
一、症状区别
1、真菌性枯萎病。西瓜全生育期均能发病。苗期发病，子叶萎蔫，须根少，基部收缩，易变褐猝倒。伸蔓结瓜期发病、病株叶片自下而上呈失水状萎蔫，初发病时中午萎蔫，夜间能恢复正常。一般反复3一5天即枯死，大部分整株死亡叶片呈褐色连在茎上不脱落，也有的是－蔓或两蔓枯萎，其余蔓正常。茎基部易发生纵裂，裂处常有胶质物溢出。根系呈水浸状腐烂，湿度大时变褐枯死后病部出现粉红色霉状物，发病时纵切茎基部可见维管束变褐。
2、细菌性枯萎病。又称西瓜青枯病，以为害茎蔓为主。植株染病上端茎蔓出现萎蔫，最后全株枯萎而死。剖开茎用手挤压，有乳白色菌脓溢出。但维管束一般不变色，此病根部也不腐烂，是与真菌性枯萎病相区别的重要症状。
二、病原区别
1、真菌性枯萎病。由半知菌类尖镰孢真菌所侵染，此真菌主要为害西瓜，大多不为害黄瓜、甜瓜等，病菌一般分布在15一30公分的耕作层内。在8一34℃都可使植株致病，24一32℃为最适温度。
2、细菌性枯萎病。由西瓜萎蔫病欧文氏细菌所侵染，此细菌除为害西瓜外，还为害冬瓜、甜瓜、黄瓜等葫芦科作物，最适生长温度为25一30℃，最低8℃，最高42℃，经8一10分钟可致死。
三、发病条件区别
1、真菌性枯萎病。主要靠土壤传播，尤其以未腐熟的有机肥为主，由胚芽、根尖和伤口侵板材，发病程度取决于当年侵染的苗量，在灌水不当、连阴雨天气重，土壤粘重、偏施氮肥，地势低洼田发病重。施用未腐熟带菌有机肥、管理粗放、土壤酸性、天气多变及地下害虫为害重，都易诱发染病。
