石榴属于浅根系类树种，侧根发达。20～70cm土层中根的分布数量最多，约占根总量的80%；0～20cm的表层土和70cm以下的深土层土壤中根量较少，只占根总量的20%。
石榴根在土壤内的水平分布范围较大，石榴吸收根主要水平分布在距果树0～150cm范围内，约占总量的76. 07%，其中0～75cm、76～150cm处根量分别占42. 76%、33. 1%。
石榴的根具有很强的再生能力，在根系被截断后，残留在土壤中的部分根段上可以产生不定芽，萌发形成新的植株。
在根际处的不定芽易萌发产生萌蘖，在地上部分遭受严重冻害或其他原因死亡后，常用根蘖来培养新的植株并更新树冠。
在正常的栽培过程中，果农常采取挖除措施，但这种方法过于粗暴，在挖除的过程中，难免或多或少会伤及根茎部分的皮层或木质部，继而诱发来年萌生更多的萌蘖，进入除了又生、生了又除的恶性循环中。
如此多年往复，会严重削弱树势，诱发病害蔓延。正确的方法是刨开根茎处的土壤，寻找根蘖萌生的分枝部位，用修枝剪或手锯，严格按照疏枝的方法，从分枝处彻底疏除，并晾干伤口，若伤口较大时，应涂抹保护剂，以防病害感染。
第一次在5月15日前后达最高峰，第二次在6月25日前后，第三次在9月5日前后。从3个峰值看地上地下生长存在着明显的相关性。
5月15日前后地上部开始进入初花期，枝条生长高峰期刚过，处在叶片增大期，需要消耗大量的养分，根系的高峰生长有利于扩大吸收营养面，吸收更多营养供地上所需，为大量开花坐果做好物质准备，以后地上部大量开花、坐果，造成养分大量消耗，根据植物体内有机物的运输规律，有机物优先供应给“代谢库”——生殖器官，而抑制了地下生长。
6月25日前后大量开花结束进入幼果期，又出现一次根的生长高峰，当第二次峰值过后，根系生长趋于平缓，吸收营养主要供果实生长。第三次生长高峰出现在果实成熟前期，此期与保证完成果实成熟、果实采收后树体积累更多养分及安全越冬有关。随落叶和地温下降，根系生长越来越慢，
至12月上旬30cm地温稳定在8℃左右便停止生长，被迫进入休眠。而在翌年春季的3月上中旬当旬30cm地温稳定在8℃左右时，又重新开始第二个生长季活动。在年周期生长中，根系活动明显早于地上部活动，即先发根后萌芽。
一是石榴根系分布较浅，应注意深施有机肥，增加深层土壤有机质含量，诱导根系尽可能向较深土壤中生长，减少伏旱时因表层土壤含水迅速降低而产生的灾害，同时可以扩大根系的吸收范围，增强对不良环境的抵抗能力。
二是根据石榴吸收根系的特点，进入初果期（5年生）后，开挖施肥沟时，保持距离主干不小于50cm，促使新生根群靠近树冠生长，而后随树龄增加扩沟外延，在生长季节追肥时，将化肥施入有机施肥坑，有减轻劳动、充分利用肥效的双重作用。追肥应少量多次，在秋施基肥的基础上，抓住春季萌芽前追肥，及时施夏季花后的果实膨大肥。
三是有条件的地方，尽可能地采用微灌、滴灌技术；在山地，应采用穴贮肥水技术或者深穴灌的方法，注意配合有机物地面覆盖保墒，尽量增加深层根的数量，控制浅层根的数量。
在灌溉条件优越的地区，应尽可能地控制灌水次数，谨防错误的灌溉诱发根系上浮和土壤结构被破坏。
